首先我们要明确in的意思,in就是“在里面,从里面”,本句话的意思是"我爸爸喜欢看书,书里面是英雄与他们的敌人作战的故事"。如果改为which,就是书是故事,这样很不合逻辑。
另外,in which 充当状语, 一般状语是要加介词的,所以要用in,不能直接用which。
这里in which 引导的是定语从句, 修饰days , in which 相当于 when , 在从句中作时间状语, 不能直接用which , which 在从句中是充当主语或宾语的。